С началом войны ростовские вузы перевели на военный режим. В главном корпусе Ростовского университета — в доме по улице Энгельса (Большая Садовая, 105) — разместился госпиталь.
Занятия лечебной физкультурой с выздоравливающими в эвакогоспитале № 3240. © Из фонда Ростовского областного музея краеведения
С июля 1941 года в городе начала действовать светомаскировка, в университете, как и в других учебных заведениях, организовали противовоздушное дежурство, а преподавателей и студентов привлекли к строительству бомбоубежищ. В том же году свыше 500 сотрудников и учащихся работали на уборке урожая.
Несмотря на военное лихолетье, в августе провели вступительные экзамены и зачислили около 460 абитуриентов, из которых сто человек составили первый набор только что созданного историко-филологического факультета (в 1960-е годы он был разделен на исторический и филологический факультеты). На время оккупации занятия прервали. В октябре 1941 года, после захвата немцами Таганрога, оборудование университета эвакуировали в Махачкалу, куда прибыли и ректор с частью сотрудников. После освобождения Ростова в конце ноября преподаватели и студенты вернулись в город, а оборудование осталось в Дагестане до лета 1942 года. Возвратившиеся студенты участвовали в строительстве Ростовского укрепрайона и расчищали от снега железнодорожные пути. Параллельно шли аудиторные занятия, проводились научные мероприятия. В университетских лабораториях велись разработки оборонной направленности.
Огромный ущерб нанесли вражеские бомбардировки. При налёте 8 июля 1942 года были разрушены мастерские физико-математического факультета, погибли 14 сотрудников. Большая часть библиотечного фонда сгорела во время бомбёжек в июле 1942 года.
В июле 1942 года началась вторая эвакуация университета: сначала в Махачкалу, а затем, из-за угрозы прорыва немецких войск на Кавказ, в киргизский город Ош, куда коллектив РГУ прибыл 23 сентября 1942 года. В Ростов вуз вернулся в январе 1944 года и к 1950-му был полностью восстановлен. По итогам войны многие сотрудники и выпускники удостоились высших наград. Герой Советского Союза гвардии подполковник Георгий Иноземцев в 1955 году стал деканом историко-филологического факультета РГУ, и сегодня его имя носит один из переулков Ростова-на-Дону.