Николай родился 23 июня 1911 года в Ставрополе. В 1926 году после окончания школы он поступил на курсы при педагогическом техникуме. По окончании курсов его зачислили на отделение политпросвещения, но из-за материальных проблем в семье Николаю пришлось прервать учёбу и начать работать. Однако Сипягин очень хотел получить образование и летом 1930 года отправился во Владивосток. Там он поступил в морской техникум и в 1933 году с отличием окончил его, получив специальность техника водного транспорта по морскому судовождению.
Сипягин Николай Иванович. Из фонда Новороссийского исторического музея-заповедника
Сипягину довелось поработать на судах Тихоокеанского управления морского флота, затем он перебрался в Одессу, в Черноморское морское пароходство. В 25 лет Николай Сипягин стал самым молодым старшим помощником капитана в пароходстве. В 1939 году ему предложили перейти на военную службу. Так он стал командиром катерного тральщика в составе Одесской военно-морской базы.
В начале Великой Отечественной войны Сипягин активно участвовал в обороне Одессы и Севастополя. В сентябре 1942 года старшего лейтенанта Сипягина назначили командиром дивизиона сторожевых катеров и морских охотников по охране рейда Новороссийского порта. На судах дивизиона переправляли защитников города с западного на восточный берег Цемесской бухты. Катера, которыми командовал Сипягин, высаживали десант под командованием майора Цезаря Куникова у посёлка Станичка в ночь на 4 февраля 1943 года. В течение семимесячной обороны легендарного плацдарма Малая земля дивизион Сипягина снабжал десантников всем необходимым. В сентябре 1943 года, во время штурма Новороссийска, катера Сипягина одними из первых ворвались в порт и высадили морских пехотинцев. За отличие в боях по освобождению Новороссийска 4-му дивизиону сторожевых катеров присвоили наименование «Новороссийский», а его командиру, капитану III ранга Николаю Сипягину, — звание Героя Советского Союза.
Погиб Сипягин 1 ноября 1943 года при высадке десанта на Эльтиген под Керчью. Моряки доставили тело командира в Новороссийск и похоронили его в Приморском сквере. Сегодня это площадь Героев. В Новороссийске именем Сипягина названы улица и Дворец творчества детей и молодёжи. Бронзовый барельеф Героя находится в Галерее Боевой Славы памятника-ансамбля «Малая земля».