Проектирование пассажирской станции в Петербурге было начато в 1843 году. Отсюда в середине ХIХ столетия протянулась до Москвы первая в России, крупнейшая в то время в Европе, двухпутная магистральная Петербурго -Московская железная дорога.
Прекрасно сохранившийся памятник архитектуры 1856 года стал одной из трёх станций первого класса на магистрали Петербург — Москва. Изящный Железный мост на станции склёпан из настоящих рельсов.
Железная дорога появилась в городе в 1915 году и стала частью Транссибирской магистрали. Сегодня железнодорожный вокзал и станция Бердск относятся к Новосибирскому отделению Западно-Сибирской железной дороги.