Проектирование пассажирской станции в Петербурге было начато в 1843 году. Отсюда в середине ХIХ столетия протянулась до Москвы первая в России, крупнейшая в то время в Европе, двухпутная магистральная Петербурго -Московская железная дорога.
К концу XIX века в России были завершены основные линии Юго-Восточной железной дороги, включая пути через Сердобск. В советский период станция играла важную роль, обеспечивая бесперебойную работу прифронтовой магистрали. Сегодня станция продолжает обслуживать пассажирские и грузовые потоки, оставаясь частью Юго-Восточной железной дороги.
Железная дорога пришла в Тобольск относительно поздно. Пассажирский вокзал был построен лишь в 1970–1974 годах. Здание создано в стиле модернизма с элементами брутализма и вдохновлено платьем В. Зайцева.