Проектирование пассажирской станции в Петербурге было начато в 1843 году. Отсюда в середине ХIХ столетия протянулась до Москвы первая в России, крупнейшая в то время в Европе, двухпутная магистральная Петербурго -Московская железная дорога.
Открытая в конце XIX века, железная дорога в Алатыре быстро обросла новой инфраструктурой и развивала экономику и культуру города. Здесь в прошлом веке выступали главные революционеры. Сегодня встречает и провожает пассажиров новое здание вокзала.
Станция появилась при расширении Рыбинско-Бологовско-Виндавской железной дороги и располагалась на ветке Сонково — Кашин. Через эту ветку город получил надежную связь с Петербургом.