Проектирование пассажирской станции в Петербурге было начато в 1843 году. Отсюда в середине ХIХ столетия протянулась до Москвы первая в России, крупнейшая в то время в Европе, двухпутная магистральная Петербурго -Московская железная дорога.
Трёхэтажное кирпичное здание вокзала, украшенное элементами модерна, русского стиля и классицизма, было построено по проекту московского архитектора М. А. Арсеньева в начале 1870-х годов. Сейчас это памятник истории, градостроительства и архитектуры регионального значения.
Железнодорожный вокзал с необычной архитектурой и стеклянными витражами принял первых посетителей в 1990 году, но был полностью достроен только спустя четыре года.
Железнодорожная станция Ишим была построена в период с 1909 по 1913 год в связи с расширением Транссибирской магистрали и сыграла ключевую роль в развитии региона, значительно увеличив грузооборот и пассажиропоток. Во время Великой Отечественной войны станция обеспечивала военные перевозки, а сегодня это современный комплекс с широким набором услуг.