GPS: 55.432245 , 37.549390
Подольский краеведческий музей начал работу 11 июня 1971 года в бывшем приходском доме, расположенном рядом с Троицким собором. Основой музейного фонда стали исторически значимые предметы, собранные и принесённые местными жителями. Благодаря усилиям краеведов и общественных активистов были созданы экспозиционные залы, организованы выставки и начали проводиться экскурсии. Музей предлагал посетителям ознакомиться с природой края, дореволюционной историей города, развитием промышленности и сельского хозяйства.
С 1978 по 1989 год музей работал как филиал Московского областного краеведческого музея, расположенного в Истре, после чего перешёл в подчинение Управления культуры администрации Подольска. В этот период было принято решение перевести музей в западный флигель усадьбы «Ивановское». Торжественное открытие обновлённого музея состоялось в 1993 году, и главная экспозиция включала три зала: «Археологическое прошлое», «Крестьянский быт и Подольский уезд» и «История Подольска».
В 2003 году в «чайном домике» (садовом павильоне) усадьбы была открыта новая экспозиция под названием «Палеонтология и природа Подольского края»
В 2011 году музей снова переехал, на этот раз в исторический центр города. Для размещения его экспозиций было выделено отреставрированное здание первой четверти XIX века, где в дореволюционное время находились присутственные места. Основная экспозиция музея — «Подольский меридиан» — охватывает весь исторический период города от эпохи Екатерины II до наших дней и рассказывает о ключевых событиях в истории Подольского края. С 2011 года рядом с музеем установлен бронзовый памятник швейной машинке Зингер, шьющей полотно с исторической картой города. Этот монумент, созданный скульптором Александром Александровичем Рожниковым, стал одним из самых узнаваемых символов Подольска.
В 2017 году в состав краеведческого музея вошёл Мемориальный музей академика Виктора Константиновича Милованова и профессора Ирины Ивановны Соколовской. Этот музей был открыт в 1998 году в посёлке Быково в доме, где жили и работали эти учёные. В 2018 году Подольскому музею передали знаменитую дворянскую усадьбу «Плещеево», которая до революции принадлежала Надежде Филаретовне фон Мекк, вдове железнодорожного магната и покровительнице искусства. В её имении бывали известные культурные деятели, среди которых — Пётр Ильич Чайковский и Иван Константинович Айвазовский. Долгое время усадьба находилась в заброшенном состоянии, но сегодня восстанавливается.
В 2023 году на базе Климовского историко-краеведческого музея открылся Отдел краеведения Подольского краеведческого музея, экспозиция которого освещает историю Подольского края.