Одним из самых сложных в инженерном отношении стал 260-километровый участок, который позже назовут Кругобайкальской железной дорогой. До 1905 года, когда она была завершена, сообщение между берегами Байкала обеспечивали ледокольные паромы. Навигация длилась восемь месяцев в году с помощью двух ледокол-паромов британского производства — «Байкал» и «Ангара». В оставшиеся четыре месяца поезда пересекали озеро по временному полотну, которое укладывали прямо на лед. Пушечников отвечал за строительство Кругобайкальской магистрали, ее инфраструктуры, даже за сборку ледокола «Байкал» на верфи в селе Лиственичном (Листвянке).