Одновременно неподалеку от Владимира князь строит для себя укрепленную резиденцию Боголюбый (Боголюбов), по названию которой и сам был впоследствии прозван Боголюбским. В этом замке его и убили в ночь на 30 июня 1174 года. Непосредственным поводом к заговору стала казнь одного из бояр Кучковичей: «Сегодня казнил его, а завтра казнит нас — давайте сами позаботимся об этом князе». Взломав дверь, убийцы накинулись на Андрея. Обороняться князю было нечем: его меч, который когда-то принадлежал святому князю Борису, заранее вынес из спальни ключник Амбал Ясин. Смертельно израненный Андрей дополз до сеней, но заговорщики, не обнаружив тела в спальне, настигли князя и добили его. Отличился Кучков зять Петр Иванкович, который перерубил Андрею левую руку. Брошенное в огороде тело подобрал слуга Козьма и отнес в церковь. Прошло более недели, прежде чем князь был все-таки погребен в Успенском соборе. А его убийц наказание настигло лишь через несколько лет, когда во Владимире сумел утвердиться брат Андрея, Всеволод Большое Гнездо.

В 1701 году мученик-страстотерпец благоверный князь Андрей Боголюбский был причислен к лику святых, а его мощи — помещены в раку для поклонения во владимирском Успенском соборе. В 1919 году рака была вскрыта и описана, также было произведено врачебное исследование останков. В 1930 году мощи стали основным экспонатом антирелигиозного отдела Владимирского исторического музея.